Встроенная по умолчанию система координат имеет точку в верхнем левом углу, ось X вправо а ось Y вниз.

Давайте попробуем нарисовать линию по координатам 0,0 - 100,100 все нормально.

Координатное пространство можно сдвигать.
//CSharp DotNet sample Code
using System;
using System.Windows.Forms;
using System.Drawing;
class MainForm : Form
{
public MainForm()
{
Text = "This is my form";
}
protected override void OnPaint(PaintEventArgs pe)
{
Graphics g = pe.Graphics;
g.TranslateTransform(100, 50);
Pen myPen = new Pen( Color.Red, 1 );
g.DrawLine(myPen, 0,0,100,100);
}
public static void Main(string[] args)
{
Application.Run(new MainForm());
}
}
Теперь наш центр координат находиться внутри формы.

Используя центр координат можно перемещать наш рисунок по экрану. Теперь при нажатии на мышку рисунок будет сдвигаться вниз.
// CSharp DotNet sample Code
using System;
using System.Windows.Forms;
using System.Drawing;
class MainForm : Form
{
//......
protected override void OnPaint(PaintEventArgs pe)
{
Graphics g = pe.Graphics;
g.TranslateTransform(100, x);
Pen myPen = new Pen( Color.Red, 1 );
g.DrawLine(myPen, 0,0,100,100);
}
protected override void OnMouseDown(MouseEventArgs e)
{
x=x+10;
Invalidate();
}
//......
}